Foi construída pelo construtor Francisco Haillot, de nacionalidade francesa. Esse artista foi também responsável pelo planta da igreja. Mas ele não viu a igreja pronta, faleceu e foi enterrado em terras encruzilhadenses, no Cemitério que existiu no local onde hoje existe a Escola Barão do Quarai. Na planta original havia duas torres. Como os recursos não eram suficientes e o desejo de ver terminada a obra era muito grande, resolveram os responsáveis pelo projeto simplificar a obra, optando por completá-la com uma torre apenas. A última etapa da obra foi concluída, pelo italiano residente no município, Antônio Labriola.

Em 1866 foi a bênção e colocação da pedra fundamental – construtor Haillot.

Em 1880- bênção do templo inconcluso.

Em 1889 – conclusão do templo pelo artista Antônio Labriola. Era pároco, naquela época, o estimado sacerdote o Pe. Domingos Palermo.

Em 1973 foi concluída a reforma que ampliou a Igreja de Encruzilhada.

Na igreja se encontram os restos mortais do Pe. Nicolau Hanquete, Padre Nicolau foi pároco da Igreja de Santa Bárbara da Paróquia de Encruzilhada do Sul por 53 anos. Catequisou várias gerações de encruzilhadenses. Pelos serviços que prestou a comunidade, o povo achou que ele deveria repousar na Igreja, mais perto do povo que tanto amou.